В интернете описаны разные способы устранение данной проблемы, но многие из них теряют свою работоспособность с каждым существенным обновлением Joomla.
В файле нашего шаблона
/templates/my_template/index.php
перед закрывающим тегом </head> вставляем конструкцию:
<?php $this->setGenerator(null); ?>
Работает для версии Joomla 3.6
В первую очередь рекомендуется спрятать это паливо в целях безопасности. Отсутствие упоминаний названия CMS как минимум усложнит задачу для злоумышленников.